La base de tener dos árboles de tropas era que en los castillos podías reclutar infanzones, hidalgos, nobles... y en las ciudades eran tropas más de... digamos del reino, no ejército "profesional", claro está (que de eso hasta los Reyes Católicos nada) pero sí con un equipo mejor que los de una localidad más pequeña, pero tampoco tan bueno como el de una casa de nobles menor...
Y lo de uniformes... es algo bastante romántico, la uniformidad es algo bastante posterior -tal vez un paño de un color o de otro, pero nada de sotopocientos tíos vestidos igual-, pero estoy seguro que los pendones de las levas de Aragón eran bastante heterogéneos. Más que nada porque por mucho que lo pidiese el rey, a veces ciertos lugares pasaban de aportar tropas si no mediaba un pago previo y así marcaban sus diferencias aunque luchasen bajo las órdenes del mismo Rey (el pobre Jaime I sufrió precisamente esa falta de "respuesta común" por parte de los territorios de la Corona durante la campaña para la conquista de Valencia).
Pero sí, no debe haber diferencia entre las tropas, al fin y al cabo no hay tanta especialización en esa época...